大肠杆菌是人和动物肠道中存在最多的一种细菌，大肠杆菌常随粪便一起排出，在食品卫生安全评估中，检测出大肠杆菌意味着食物可能受到粪便的污染，粪便中可能还存在其他致病菌，食用被感染的食物后可能会引起食物中毒，因此大肠干被作为食品指示菌，从而评价食品卫生质量。
大肠杆菌为条件致病菌，某些血清型的大肠杆菌可引起急性腹泻。大肠杆菌会污染周围环境和水源、食品等。食品大肠杆菌取样检查时，样品中大肠杆菌越多，表示样品被粪便污染越严重，也表明样品中存在肠道致病菌的可能性越大，对人体健康的影响严重性也越大，所以应对水、食品、饮料进行大肠杆菌检查。
常见的几种检测大肠杆菌的办法：
1.多管发酵法(MTF，Multiple－tube fermentation)是根据大肠菌群能发酵乳糖产酸产气的特征，检测水样中大肠菌群的方法。多管发酵的大肠菌群阳性，如果在44.5℃的培养基上进行24h的培养，能释放出荧光产物而使培养基在紫外光源的照射下呈现荧光反应，此种方法即可检测出样本中是否含有大肠杆菌。
2.滤膜法(MF，membrane filter)滤膜法是目前流行的检测水中大肠杆菌群的方法。滤膜法的具体步骤是首先将一定量的水体样本注入0.45μm的滤膜过滤，经过抽滤，水中的细菌则被留在滤膜上，将滤膜贴于品红亚硫酸钠培养基上培养24h，温度为恒温37℃，这使得菌群因发酵乳糖而使得滤膜出现紫红色，通过计算滤膜上的菌落进而计算出单位样本中的大肠杆菌的数量。
3.平板计数法(plate count)该方法是统计物品含菌数的有效方法，操作的顺序是首先将样本进行适当稀释，使其中的微生物充分分散成单个细胞，取定量的稀释液进行培养使其逐渐生长成肉眼可观察的菌落，然后通过稀释度和样本数量来计算菌数。
